Dalam sejarahnya, Mozilla pada awalnya digunakan sebagai codename browser web Netscape Navigator. Jamie Zawinski, seorang pegawai Netscape Communications Corporation kemudian memberikan ide nama Mosaic killer. Nama “killer” lebih popular diucapkan dengan kata “killa”, yang kemudian berubah menjadi “illa”. Kemudian digabungkan dengan Mosaic menjadi Moz+illa, dan Zawinski berharap dengan nama tersebut dapat menempatkan Mosaic menjadi browser yang popular.
Mozilla adalah mascot dari Netscape Communications Corporation, yang dulunya dikenal dengan nama Mosaic Communications Corporation. Maskot Mozilla ini memiliki beberapa bentuk termasuk astronot memakai helm atau spaceman, namun lambing mascot yang dipilih adalah gambar seperti monster fiksi klasik, Godzilla, yang didesain oleh Dave Titus tahun 1994. Mozilla merupakan fitur dari website Netscape, kemudian Mozilla berlanjut untuk digunakan di dalam Netscape, yang digambar di T-shirt untuk dipakai semua staff atau pekerja seni yang ada di kampus Netscpae, Mountain View.
Mozilla identik dengan software gratis atau open source project yang dibuat ketika membuat Internet suite generasi berikutnya untuk Netscape. Mozilla Organization dibangun pada tahun 1998 untuk membuat Internet suite baru, dan kemudian menjadi Mozilla Foundation. Lalu Mozilla Foundation yang akan membuat dan me-maintain browser Mozilla Firefox dan aplikasi email Mozilla Thunderbird. Trademark Mozilla telah diresmikan oleh Mozilla Foundation pada tahun 2006.
Pada Agustus 2005, Mozilla Foundation mengumumkan akan membuat Mozilla Corporation, yang menjadi perusahaan profit Mozilla Foundation, yang kemudian berfokus untuk meluncurkan Firefox ke user. Software Mozilla seperti Firefox, Thunderbird, SeaMonkey, Bugzilla, Camino, Sunbird, Minimo, Flock, Songbird.